Las cardiopatías congénitas se producen porque el corazón no se desarrolla normalmente mientras el bebé está creciendo en el útero. Con frecuencia, los médicos no saben la causa por la que se producen las cardiopatías congénitas. Los investigadores saben que, en ocasiones, la genética puede cumplir un rol.

Es habitual que las cardiopatías congénitas ocurran debido a cambios o mutaciones en el ADN del niño. Las mutaciones del ADN pueden haber provenido o no de los padres. En raras ocasiones, las cardiopatías congénitas son causadas por genes particulares que son heredan de los padres. Eso significa que un padre o madre que tenga una cardiopatía congénita puede tener más probabilidades de tener un hijo con dicha anomalía.